Door de afwateringssleuven kunnen gewasbeschermingsmiddelen en meststoffen versneld een beek in stromen, waardoor de waterkwaliteit achteruitgaat.
Daarnaast hinderen de afwateringssleuven bij de onderhouds- en inspectiewerkzaamheden van de beek.
Ook zorgen de sleuven voor uitspoelingen van het talud van de beek en nemen ze door de afstroming zand mee. Hierdoor ontstaat verzanding met als gevolg dat de beekbodem hoger wordt. De beek functioneert dan slechter. Dit kan leiden tot wateroverlast.

Agrariërs die een afwateringssleuf hebben gegraven krijgen eerst een waarschuwing per brief.
Verandert er niets dan wordt gehandhaafd en kan een boete volgen.